ArbeitsgruppenAG Kalesse
Forschung - Statistische Strukturvorhersage

Forschung - Statistische Strukturvorhersage

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Unsere Strukturvorhersage gilt für Typ I-Polyketide. Durch die Analyse der Ketoreduktasen können sowohl die Konfigurationen der sekundären Alkohole als auch die der benachbarten Methylgruppenverzweigungen mit guter Verlässlichkeit vorhergesagt werden.

Das dabei verwendete Hidden-Markov-Modell mit dem dazugehörigen Datensatz ist auf der Internetseite https://akitsche.shinyapps.io/profileHMM_App/ hinterlegt. Die Benutzung ist einfach. Man fügt die Aminosäuresequenz der betreffenden Ketoreduktase per „copy-paste“ ein und startet das Programm. Anschließend wird sowohl der Deskriptor (Fischer-Nomenklatur) D/L ausgegeben und ein absoluter Betrag als Maß für die Verlässlichkeit der Vorhersage.

Idealerweise beginnt die eingegebene Sequenz mit der Position TGGT bzw. einer entsprechenden Aminosäuresequenz und endet im Bereich von AWG.

Als Beispiel sei eine Ketoreduktase von Salinomycin angegeben.